La Señora de la calavera maya.
Una versión de la leyenda se origina en la historia maya quiché de la creación, el libro llamado Popol Vuh. Según este relato, un chamán maya ocultó las trece calaveras en tiempos remotos para que fueran redescubiertas en una época de gran necesidad. Contienen información vital acerca del origen de la raza humana, el verdadero propósito de nuestra creación y nuestro destino. Cuando estemos preparados para recibir ese conocimiento se hallarán las calaveras y se las decodificará, lo que habrá de facilitar el progreso de la humanidad. Los autores del libro Mistery of the Cristal Skulls Revealed (1988), sostienen que las trece calaveras forman un conjunto y que en algún momento se las conservó debajo del palacio de Potala en el Tíbet. Sin embargo, su creación tuvo lugar en la Atlántida y se las utilizó en los Trece Templos de Sanación de la Atlántida. Estos investigadores creen que muchas de las calaveras de cristal que se conocen en la actualidad tienen entre 10.000 y 30.000 años. Una de las edades que se atribuye a la calavera Mitchell-Hedges es de 17.000 años.
Según estos autores, muchas calaveras de cristal se usaron en sacrificios humanos, razón por la que se «pervirtieron»; sin embargo, piensan que otras escaparon a ese terrible destino. Hay acuerdo entre los autores acerca de que las diferentes calaveras son de naturaleza extraterrestre. La mayor parte del material de su obra les llegó a través de médiums en estado de trance, por lo que es bastante sospechoso. Debido a la información que recibieron por medio de estos canales, los autores creen que «muchas de las calaveras de cristal se trajeron o se proyectaron aquí desde otras partes de nuestra galaxia… algunos de los ejemplares que conocemos se crearon en la Tierra, pero son copia de las trece originales, algunas de las cuales aún pueden estar en el Tíbet».
Estos cráneos son herramientas que están apareciendo “para mostrarnos su sabiduría; para que podamos hacer una transición armónica hacia una era de luz y aumentar nuestra conciencia".
La más popular de las leyendas dice que existen trece calaveras de cristal de tamaño real que forman un conjunto especial que se activará cuando estén todas juntas; algo así como reunir todas las piezas de un sofisticado ordenador. Una versión de esta historia dice que las trece calaveras fueron fabricadas por una sociedad avanzada que vivió en el interior de la Tierra y que contienen información sobre la historia de esa raza, su relación con la nuestra y nuestro futuro. 
Los olmecas antecedieron a los zapotecas, mixtecas, mayas y aztecas.
Se dice que muchas de las calaveras de cristal halladas en América Central son aztecas, pero ha de recordarse que éstos (también llamados méxicas) son una civilización relativamente reciente en América Central. Se cree que llegaron desde el norte en algún momento alrededor del año 1248. Cerca de trescientos años más tarde, en 1519, arribaron los españoles y conquistaron a los aztecas en 1521. Si bien muchos miembros de la realeza y sacerdotes aztecas poseyeron calaveras de cristal, estas pueden haber provenido de culturas anteriores y podrían tener cientos y hasta miles de años de antigüedad. El cristal de cuarzo es casi ndestructible, y los objetos de cristal en general pasan de mano en mano durante muchas generaciones hasta que se pierden o caen en manos de ladrones. Con cierto esfuerzo, una calavera de cristal puede reducirse a miles de pequeños fragmentos a fuerza de golpes, pero es muy probable que esto no haya ocurrido con frecuencia dado el alto valor de ese objeto y la dificultad para realizar semejante tarea.
La más popular de las leyendas dice que existen trece calaveras de cristal de tamaño real que forman cierta clase de conjunto especial que se activará cuando estén todas juntas; algo así como reunir todas las piezas de un sofisticado ordenador. Una versión de esta historia dice que las trece calaveras fueron fabricadas por una sociedad avanzada que vivió en el interior de la Tierra y que contienen información sobre la historia de esa raza, su relación con la nuestra y nuestro futuro. Las calaveras se repartieron por todo el mundo, para que fuesen halladas y reunidas en una fecha posterior. 